La Chiesa di Santo Stefano, situata in via di Fagna a Ugnano, periferia sud-ovest di Firenze, è un esemplare storico del culto cattolico, legato all'arcidiocesi di Firenze e suffraganea della pieve di San Giuliano a Settimo. La sua esistenza è documentata fin dal 20 novembre 1011, quando il suo patronato fu donato alla badia a Settimo.
Durante l'XI secolo, il patronato fu gestito direttamente dai parrocchiani fino al 1097, quando l'abate di Settimo ne riprese il controllo. Il XII secolo vide la chiesa acquisire maggiore importanza, e nel 1203, si conferma che possedeva terreni nella zona della badia a Settimo. Poco dopo divenne la sede di una comunità di canonici regolari.
Il XIII secolo fu un periodo di prosperità economica per la comunità, tanto che il 16 luglio 1260, il rettore Fralmo Pellegrini si impegnò a fornire otto staia di grano per il sostegno dell'esercito fiorentino. Tra il 1276 e il 1303, la Canonica Sancti Stephani de Ugnano versò regolarmente una decima annuale di 10 lire e 10 soldi.
Nonostante nel 1372 i canonici non risiedessero più nella chiesa, continuavano a riunirsi qui fino al 1426. Con l'arrivo del XVI secolo, la comunità di canonici fu sciolta e nel 1501 il priore venne eletto dal vescovo di Firenze. Nel luogo fu fondata una compagnia laicale dedicata alla Vergine Maria, attiva fino al 1785. Durante una visita apostolica nel 1575, fu dichiarato che lo spedale annesso alla chiesa era in rovina.
Alla fine del XVIII secolo, la chiesa fu restaurata e il pavimento rialzato per prevenire le frequenti inondazioni. Nel 1828, fu praticamente ricostruita da zero, arricchendosi di un portico e una nuova canonica. Tra il 1891 e il 1893 furono restaurati gli affreschi della scuola del Ghirlandaio, ma nel 1895 la chiesa subì gravi danni a causa di un terremoto.
L'agosto del 1944 fu un momento tragico: le mine tedesche distrussero completamente la chiesa, eliminando anche il cortile trecentesco e le sue opere d'arte, tra cui un affresco con il Martirio di santo Stefano e un dipinto dell'Annunciazione della Vergine attribuito a Bernardino Poccetti.
Dopo essere stata completamente ricostruita, la chiesa riaprì al culto nel 1953. Oggi, dell'originale edificio romanico rimangono solo due frammenti di muratura sulla fiancata nord, scoperti durante i restauri di fine XX secolo. Accanto alla chiesa, nell'oratorio del Santissimo Crocifisso decorato da dipinti di Alfredo Cifariello, si venera un'antica immagine del Crocifisso arrivata nel 1780 da una confraternita romana soppressa.
Nel 1890 venne fu demolita e saccheggiata, segnando la fine di un importante capitolo della storia religiosa e architettonica fiorentina.
Sulla facciata della chiesa si trovava un San Cristoforo colossale della mano di Antonio del Pollaiolo, come riporta Filippo Baldinucci.
Il santuario è detto anche della Madonna del Sasso in riferimento a una serie di apparizioni miracolose della Vergine avvenute nel 1484.
Un tempo era parte integrante della vita e delle tradizioni fiorentine, ora cancellato dalla nostra memoria. Sarebbe stato importante preservarla.